När Jerusalem återtogs av de kristna 1099 dödade de 40 000 muslimer och judar och gjorde al-Aqsamoskén till högkvarter för Tempelherreorden tills Saladin återtog staden 1187. Emellertid tilläts muslimerna gå till moskéerna i staden och be, och detsamma med de kristna efter det att lyckan vänt i slaget vid Hattin.
Platsen där al-Aqsamoskén ligger är den tredje heligaste platsen i islam. Muslimer tror att profeten Muhammed fördes från den Heliga Moskén i Mekka till al-Aqsa under "den nattliga resan".
